Metroid Fusion é o quarto jogo da série Metroid, da Nintendo, e o primeiro jogo desde Super Metroid, em 1994. Fora lançado em 2002, para o Game Boy Advance, juntamente com Metroid Prime para o GameCube. Cronologicamente é o último game da série.

10 anos depois dos eventos de Super Metroid, Samus Aran vai ajudar uma missão no planeta natal dos agora extintos Metroids, SR-388. Lá ela é contaminada com um parasita chamado X, e quase morre não fosse uma vacina feita de celulas de Metroides (o predador natural do X).Depois de Samus acordar,na estação espacial ocorre uma misteriosa explosão e Samus é manda-da a investigar mais tarde descobre-se que a estaçao foi invadida pelos pararsitas X e que graças aos componentes da power suit infectados pelo X um clone perfeito da Samus é criado a Sa-x.

Com a ajuda de um CO computadorizado que ela deu-o o nome de Adam ela fazerá missões uma mais dificil que a outra e descobrirá um experimento que a Federação fez secretamente no Setor 6.

Incrívelmente a engine de Metroid Fusion e de Wario Land é a mesma. O que provou isso foi um teste que encontrou a Debug Room deste jogo e viu que os blocos são do Wario Land.